科研基地建设是我院科研工作的一项重要内容。近年来我院科研基地建设有了显著发展，目前我院共拥有教育部、北京市、国中医药管理局及北京中医药大学多个重点实验室、研究室、中医临床研究基地、科研机构、创新团队、引智基地等。基地建设为我院科技创新了搭建了良好的研究平台。

一、 教育部重点实验室
1、中医内科学实验室

二、 北京市重点实验室
1、中医内科学实验室

三、 国家中医药管理局重点实验室
1、 中药药理实验室。
2、 神经细胞分子生物学实验室

四、国家中医药管理局重点研究室
1、心脉病证益气活血研究室。
2、糖尿病肾病微型癥瘕研究室。
3、脑病中医证治研究室。

五、北京中医药大学研究机构
1、心血管病研究所

六、北京中医药大学创新团队
1、脑病中医临床评价创新团队；
2、北京中医药大学神经变性疾病创新团队

七、高等学校学科创新引智计划
1、中医学与中药学科创新引智基地